Im Süden des Kreuzganges steht die St.-Johannes-Kapelle mit dem unauffälligen Äußern, ursprünglich wohl die Hauskapelle des Bischofs, später die Taufkapelle. Sie ist doppelgeschossig und mit kostbaren Fresken aus der Romanik (1250), der Früh- (um1320) und der Hochgotik (1. H. d. 15. Jh.s) ausgestattet. Hier tagte laut Überlieferung im Jahr 1048 die Bischofssynode, die Kaiser Heinrich IV. im Zuge des Investiturstreits einberufen hatte, um Papst Gregor VII. absetzen zu lassen und Clemens III. zum Gegenpapst zu erheben.